根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。该公司业务人员传递发票不及时导致增值税扣税凭证逾期，由此造成的100万元进项税额无法再进行抵扣。

案例中股份公司是上市公司，有相对比较完善的内控制度及较详细的企业管理业务流程，但税务风险却同样不容忽视，案例中上市公司同其他企业一样，认为采购部门迟早会拿发票来报销，而且，站在企业角度，相关费用报销的越晚，企业获得的资金时间价值越大，因此，对采购发票的时间管控相对宽松，部分企业甚至根本不予关注。

为保证相关采购部门在认证期内将供应商开具的发票传递至财务部门，财务部门能在认证期内认证抵扣税款，避免税款损失，可以通过以下内控措施实现：

（1）将费用报销时间及票据复核在制度中进行明确：

在《采购物资付款管理办法》等类似制度中明确，专用发票必须在开具后4个月内（具体时间由企业根据自身情况判断，保证在认证期内实现认证即可）报销，对于逾期发票不再报销；同时，财务部门设置相关岗位对专用发票合规性（包括时间、名称等）进行复核，复核时需关注发票开具日期，对过了认证期限的发票不允许报销相关费用，发票在审核通过后才能付款；对因相关岗位人员失职造成的企业税收损失，由相关岗位人员承担相应赔偿责任。

（2）建立预警机制：

在相关岗位职责中明确如下内容：财务部门相关岗位每月制作《暂估应付款账龄分析表》，将超过3个月仍未取得发票的《暂估应付款账龄分析表》通过企业管理信息系统传递至各采购部门；采购部门相关人员每月固定日期前核对、分析财务部门传递过来的《暂估应付款账龄分析表》相关信息，在表中注明发票未到原因并及时传递至财务部门，同时对已开具但未传递的发票在报销期内及时报销。

通过上述措施，将发票报销时间及复核流程形成制度、职责，相关岗位人员严格按照岗位职责行事，将制度落到实处，从而将逾期发票涉税风险扼杀在萌芽之前。

目前企业内控制度建设尚处于较低水平，虽然大多数企业每年都会对遵守税收法律法规进行培训及宣传，但由于缺乏系统的管理，对税收法律法规的遵从缺乏足够的权威性；对于涉税风险更是缺乏系统地跟进和处理，最终导致税收遵从“说在嘴上，印在纸上，挂在墙上”，从而将企业置于较高涉税风险境地。对此，大企业需要将税务风险内控做为企业内部控制制度的重要组成部分和防范税务风险的有效手段，通过管理层、治理层和全体员工的共同协作，合理保证企业在防范税务风险的基础上，创造税务价值。